มะกรูดเป็นสมุนไพรที่นิยมใช้กันมาตั้งแต่ในสมัยโบราณ ไม่ว่าจะนำมาใช้ในการทำอาหาร ช่วยบำรุงสุขภาพเสริมความงาม หรือแม้แต่นำมาปลูกเพื่อเป็นสิริมงคล นอกจากนี้มะกรูดยังมีประโยชน์และสรรพคุณดี ๆ อีกมากมายที่ไม่ควรมองข้าม รากของมะกรูดมีรสจืดเย็น สามารถช่วยแก้อาการไข้ ถอนพิษสำแดง แก้ลมจุกเสียด กระทุ้งพิษไข้ แก้พิษฝีภายใน และช่วยอาการเสมหะเป็นพิษ
ผิวของมะกรูดสามารถช่วยแก้อาหารนอนไม่หลับได้ โดยนำผิวของมะกรูดบดรวมกับรากชะเอม ไพล เฉียงพร้า ขมิ้นอ้อยแล้วนำมาต้มน้ำดื่ม เป็นยาบำรุงหัวใจ โดนนำผิวมะกรูดฝานสดประมาณ 1 ช้อนโต๊ะ มาผสมกับพิมเสนหรือการบูรชงในน้ำเดือดแล้วแช่ทิ้งไว้ จากนั้นนำมาดื่ม ช่วยแก้อาการเป็นลม หน้ามืด วิงเวียนศีรษะ โดยนำเปลือกมะกรูดฝานบาง ๆ ชงกับน้ำเดือดแล้วเติมการบูรเล็กน้อย นำมาดื่มเพื่อแก้อาการ ช่วยขับลมในลำไส้ แก้อาการจุกเสียด ท้องอืด แน่นท้องได้ ช่วยขับสารพิษที่อยู่ในร่างกายให้ออกมาทางผิวหนังโดยการนำผิวมะกรูดมาใช้เป็นส่วนประกอบในการอบซาวน่าสมุนไพร ใบมะกรูดช่วยแก้ไอ แก้อาการอาเจียนเป็นเลือด ช่วยแก้อาการช้ำใน ใบมะกรูดอุดมไปด้วยเบต้าแคโรทีนซึ่งช่วยในการชะลอการขยายตัวของเซลล์มะเร็งและช่วยต่อต้านมะเร็งได้